Detalles de la búsqueda
1.
Molecular dynamics-based identification of binding pathways and two distinct high-affinity sites for succinate in succinate receptor 1/GPR91.
Mol Cell
; 84(5): 955-966.e4, 2024 Mar 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38325379
2.
Prediction of cancer driver genes and mutations: the potential of integrative computational frameworks.
Brief Bioinform
; 25(2)2024 Jan 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38261338
3.
A workflow to study mechanistic indicators for driver gene prediction with Moonlight.
Brief Bioinform
; 24(5)2023 09 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37551622
4.
MutateX: an automated pipeline for in silico saturation mutagenesis of protein structures and structural ensembles.
Brief Bioinform
; 23(3)2022 05 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35323860
5.
PDBminer to Find and Annotate Protein Structures for Computational Analysis.
J Chem Inf Model
; 63(23): 7274-7281, 2023 Dec 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37977136
6.
PyInteraph2 and PyInKnife2 to Analyze Networks in Protein Structural Ensembles.
J Chem Inf Model
; 63(14): 4237-4245, 2023 07 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37437128
7.
In silico identification of rescue sites by double force scanning.
Bioinformatics
; 34(2): 207-214, 2018 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28961796
8.
Allosteric modulation of cardiac myosin dynamics by omecamtiv mecarbil.
PLoS Comput Biol
; 13(11): e1005826, 2017 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29108014
9.
ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison.
PLoS Comput Biol
; 11(10): e1004415, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26505632
10.
Communication routes in ARID domains between distal residues in helix 5 and the DNA-binding loops.
PLoS Comput Biol
; 10(9): e1003744, 2014 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25187961
11.
Disclosure of key stereoelectronic factors for efficient H2 binding and cleavage in the active site of [NiFe]-hydrogenases.
J Am Chem Soc
; 136(5): 1803-14, 2014 Feb 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24392667
12.
PyInteraph: a framework for the analysis of interaction networks in structural ensembles of proteins.
J Chem Inf Model
; 54(5): 1537-51, 2014 May 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24702124
13.
Comparison of force fields to study the zinc-finger containing protein NPL4, a target for disulfiram in cancer therapy.
Biochim Biophys Acta Proteins Proteom
; 1871(4): 140921, 2023 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37230374
14.
TRAP1 S-nitrosylation as a model of population-shift mechanism to study the effects of nitric oxide on redox-sensitive oncoproteins.
Cell Death Dis
; 14(4): 284, 2023 04 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37085483
15.
RosettaDDGPrediction for high-throughput mutational scans: From stability to binding.
Protein Sci
; 32(1): e4527, 2023 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36461907
16.
Evidence for the formation of a Mo-H intermediate in the catalytic cycle of formate dehydrogenase.
Inorg Chem
; 51(15): 8331-9, 2012 Aug 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22800191
17.
xPyder: a PyMOL plugin to analyze coupled residues and their networks in protein structures.
J Chem Inf Model
; 52(7): 1865-74, 2012 Jul 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22721491
18.
The Cancermuts software package for the prioritization of missense cancer variants: a case study of AMBRA1 in melanoma.
Cell Death Dis
; 13(10): 872, 2022 10 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36243772
19.
Cancer-related Mutations with Local or Long-range Effects on an Allosteric Loop of p53.
J Mol Biol
; 434(17): 167663, 2022 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35659507
20.
Unraveling membrane properties at the organelle-level with LipidDyn.
Comput Struct Biotechnol J
; 20: 3604-3614, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35860415